La Ley Orgánica 6/2001, de 21 de diciembre, de Universidades, en su nueva redacción dada por la Ley Orgánica 4/2007, de 12 de abril, por la que se modifica la anterior, define la estructura de las enseñanzas universitarias en tres ciclos: Grado, Máster y Doctorado. Los estudios de doctorado, correspondientes al tercer ciclo, conducen a la obtención del título oficial de Doctor o Doctora, de carácter oficial y validez en todo el territorio nacional. Según establece la citada Ley, los estudios de doctorado se organizarán y realizarán en la forma que determinen los estatutos de las universidades, de acuerdo con los criterios que para la obtención del título de Doctor apruebe el Gobierno, previo informe del Consejo de Universidades.
El desarrollo del tercer ciclo dentro de la construcción del Espacio Europeo de Educación Superior (EEES) debe tener presente las nuevas bases de la Agenda Revisada de Lisboa, así como la construcción del Espacio Europeo de Investigación (EEI) y los objetivos trazados para éste en el Libro Verde de 2007. De este modo, el doctorado debe jugar un papel fundamental como intersección entre el EEES y el EEI, ambos pilares fundamentales de la sociedad basada en el conocimiento.
Para adaptarse a esta nueva estructura el doctorado en Informática y Automática del Departamento del mismo nombre, es una evolución del Doctorado de Informática y Automática con mención de calidad del Ministerio de Educación y Ciencia - referencia mcd2006-00346, que tiene como antesala el Máster en Sistemas Inteligentes (MSI). Ambos están orientados hacia la investigación, en este sentido, el MSI tiene como principal objetivo promover la iniciación del alumno en tareas investigadoras.
El objetivo del Doctorado es realizar un trabajo de investigación inédito, la Tesis Doctoral, como vía para la formación de un investigador de alta cualificación que pudiera desempeñar su vida profesional en cualquier centro de investigación, público o privado, del mundo con sobradas garantías de éxito.
El Doctorado no lleva asociada más carga lectiva que la realización de la Tesis Doctoral. Los doctorandos en Informática y Automática al contar en el segundo ciclo con el MSI, se pueden beneficiar de actividades complementarias que tienen su origen en dicho Máster, fundamentalmente asistencia a seminarios (o incluso el cursar materias que refuercen su formación dependiendo del perfil de acceso).