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Fecha de propuesta: 15/09/2020 (Aceptada)

Descripción:
El análisis de datos de secuenciación de próxima generación (NGS por sus siglas en inglés) implica la creación de pipelines y flujos de análisis con multitud de etapas de procesamiento para obtener la información final, en los que la entrada de un proceso depende del resultado de la etapa anterior. Para la creación de estos pipelines se han ido desarrollando lenguajes y entornos muy específicos que permiten una correcta organización, gestión de los recursos y facilidad de interpretación del flujo de análisis, muchos de ellos inherentes al campo de la bioinformática. En este trabajo se pretende revisar sistemáticamente los lenguajes existentes en el mercado (Cromwell, WDL, Snakemake, Galaxy, Taverna, etc) y su posterior aplicación en un pipeline real de análisis de datos NGS.

Objetivos funcionales:
- Revisión de los lenguajes de gestión de workflows existentes en el campo de los análisis de datos NGS. - Elección de un lenguaje de interés e implementación en un pipeline existente de análisis de datos NGS humanos con propósitos clínicos.

Entornos de desarrollo y explotación:
Linux, bash, lenguajes de gestión de workflows (snakemake, Cromwell, WDL, etc.)